Tl; dr: Casi seguro que no. Casi.
Editar: Parece que hay formas de comprimir los genomas que pueden alcanzar entre 100 y 1,000 veces la relación de compresión. Entonces, si tiene esas herramientas y un poco de tiempo extra para comprimirlo, es casi seguro que podría enviar el genoma en 5 minutos.
Esta es una pregunta extraña … pero suena divertida. Para mí, parece que se reduce a si puedes cargar un genoma en 5 minutos a 100 megabits por segundo. Entonces, ¿cuántos megabytes es un genoma humano?
- Dado que la velocidad de nuestro paquete de datos estándar está restringida a 7.2 mbps, ¿deberíamos considerar que 4G es inútil?
- ¿Internet es lento y costoso en Australia?
- ¿Cuáles podrían ser las posibles causas de la falta de tono de marcación telefónica y la velocidad lenta (2mb / s) de Internet?
- ¿Son 9 mbps una buena velocidad de Internet para la transmisión?
- ¿Por qué Internet es tan lento en China y qué se puede hacer para acelerarlo?
Idealmente, si cada par de bases estuviera representado por dos bits (00, 01, 10 u 11), nuestros 3 mil millones de pares de bases serían ~ 700 Mb. En ese caso, tardaría un minuto en cargarse. Eso funcionaría bien.
En el mundo real, sin almacenamiento y compresión óptimos, estarías totalmente jodido. Desde el “secuenciador del genoma”, obtienes alrededor de 200 gigabytes de información. Eso es porque está almacenado en un formato más complicado, como FASTQ. Contiene mucha información adicional, incluida la calidad de la muestra. Entonces eso es 1,600,000 megabits. Le tomaría 4.4 horas cargarlo.
Pero hoy es miércoles 31 de agosto de 2016 en Alemania. Tiene configurados algunos equipos de secuenciación y digitalización ilegales, pero aún no ha secuenciado nada. Tu amigo José se encuentra en México, donde los genomas digitalizados son legales. Tiene una conexión sólida de arriba / abajo de 100 Mbps. Aquí está lo que haces:
- Dígale a su equipo de secuenciación de vanguardia que comience a digitalizar el genoma. Esto debería tomar alrededor de 24 horas.
- Después de que hayan pasado 20 horas, dígale a José que comience a enviarle un genoma humano completo, FASTQ. La conexión no se puede aprovechar / rastrear, por lo que hasta que tenga un genoma completo en su computadora, podemos suponer que está bien.
- Han transcurrido 24 horas. Idealmente, terminas de secuenciar tu genoma en Alemania y recibes el genoma de José exactamente al mismo tiempo. Ahora estás en posesión ilegal de dos genomas humanos. Alguien le ha dicho a la policía. Según el supuesto en la pregunta, tiene 5 minutos hasta que la policía atraviese su puerta. Su equipo probablemente podría detener a la policía por otros 10-15 minutos más o menos.
- Comprueba tu genoma con el de José para ver las diferencias. Los genomas humanos son 99.9% idénticos. Eso deja una diferencia del 0.01%, aproximadamente 20 megabytes de información. Hay una variedad de formas de hacer esto en unos minutos, 15 a 20 minutos como máximo.
- Envíe a José el archivo de diferencia de ~ 20 Mb. A 100 Mbps, esto lleva 1.6 segundos.
- Celebra tu pequeña victoria mientras la policía te arrastra.
Espero que esto ayude…
