No existen fuertes restricciones sobre la longitud de los intrones. Ciertamente no tiene que ser un múltiplo de tres. Y en lo que respecta a la codificación de proteínas, tampoco importa. Dado que los intrones se empalman antes de la traducción en proteínas, no tienen impacto en la fase. Lo que complica las cosas es el hecho de que el exón tampoco tiene que tener longitudes que sean múltiplos de tres. La totalidad de la secuencia de codificación de proteínas para una transcripción dada tendrá una longitud que es un múltiplo de tres, por lo que cualquier exón que no sea necesario deberá compensarse en consecuencia. La verdadera diversión comienza cuando consideras cómo los exones como este, que no tienen una longitud que es un múltiplo de tres, pueden combinarse para formar diferentes transcripciones a través de un empalme alternativo.
Fuente de la imagen: NIH (a través de Wikimedia Commons)
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Editar: ortografía fija y foto añadida.