Starlyn Tejada tiene razón: se trata de SVG. Hacer este tipo de cosas a mano es bastante tedioso (y generalmente nunca dinámico), por lo que recomiendo usar una biblioteca de JavaScript para al menos generar un SVG. Si estás en contra de las bibliotecas JS por cualquier razón, entonces vas a tener dificultades. Pero si no eres …
Hay una manera increíble de hacer gráficos dinámicos: la biblioteca d3.js. Es pequeño e intuitivo. ¿Qué más se puede pedir? He usado d3 por un tiempo y me encantan algunas de las cosas que puedes hacer con él. Si no está convencido de su poder bruto, haga clic en la página de ejemplos del autor. Hay más de mil.
Aquí hay uno que me gusta particularmente. Ah, y aquí hay uno basado en la física.
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Puede hacer gráficos como el de su ejemplo con d3 usando “gráficos de fuerza dirigida”.
Editar : d3 definitivamente también puede manejar la interacción con el mouse, mira esto.