Como respondió otra persona, algunos sí.
El gobierno de Estados Unidos nunca lo ha reconocido, pero es ampliamente aceptado que escribieron y lanzaron Stuxnet, que era un gusano informático que saboteó una instalación nuclear iraní. Los informes indican que era parte de una operación más grande llamada Nitro Zeus que aparentemente tenía la intención de cerrar todo el país si fuera necesario.
En el hogar, el FBI destruyó un mercado anónimo de drogas en línea llamado Silk Road hace unos años, y se resistieron a revelar cómo encontraron los servidores informáticos del mercado durante mucho tiempo. Eventualmente admitieron que la NSA los ayudó, pero su explicación parecía que estaban minimizando el hecho de que básicamente los piratearon para revelar la ubicación real para que pudieran hacer derribos.
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La NSA también es la fuente de algunos de los programas maliciosos más sofisticados que existen, puedes leer sobre esto aquí: Regin.
Hay muchas más historias más pequeñas, pero eso debería ayudarlo a comenzar.