Ya hay cosas mejores, como ya mencionaste en tu pregunta: API de nivel superior que abstraen todas las cosas engorrosas. ORM es un ejemplo perfecto de algo que usa SQL detrás de escena. No tiene que saber SQL, solo tiene que saber cómo funciona el marco ORM y conocer el lenguaje en el que está implementado.
Tome Core Data, la respuesta de Apple a ORM. Se encuentra sobre la parte superior (generalmente) de una base de datos SQLite. Un programador que usa Core Data no necesita saber nada sobre la base de datos subyacente, ni mucho menos qué lenguaje de consulta usa o qué características están disponibles allí. Todo lo que necesitan saber es qué funciones permite la capa de abstracción.
En esa nota, HQL es en sí mismo parte de una capa de abstracción para Java. Las uniones implícitas son solo una parte de las características de Hibernate, de las cuales HQL es parte. Usando HQL, Hibernate que se ocupa de la apariencia de uniones implícitas (al igual que Core Data lo hace con sus propiedades de objetos virtuales). La verdad es que HQL es una capa de abstracción utilizada para generar consultas SQL bajo el capó.
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Dado que existen capas de abstracción por encima de SQL, probablemente en su lenguaje de programación preferido, ¿por qué reinventar el propio SQL?