Depende de lo que quieras hacer. Raspberry Pi y BeagleBoard son bastante similares, pero son MUY diferentes de Arduino.
RPi y BB son esencialmente pequeñas computadoras basadas en Linux, y usted las programa más o menos de la manera en que programaría una computadora. Incluso puedes usar Java si quieres. Los inconvenientes son el tiempo de arranque y la naturaleza en tiempo no real.
Los Arduinos son microcontroladores muy simples de 8 bits sin sistema operativo, por lo que su código se ejecutará en el metal desnudo. Son mucho más simples, ofrecen garantías en tiempo real y se inician instantáneamente (y se pueden apagar en cualquier momento).
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El que debes usar depende de lo que quieras hacer.
Si desea construir robots con sensores y motores simples, un Arduino sería más adecuado.
Si desea hacer cualquier tipo de procesamiento de audio o video, o usar dispositivos USB, deberá usar RPi o BB.
En muchas aplicaciones complejas de robótica, las personas usarían ambos: RPi / BB para el procesamiento intensivo de la CPU y un microcontrolador de metal desnudo para el control en tiempo real de bajo nivel de sensores y actuadores.
Si no tienes experiencia en electrónica, te recomiendo comenzar con un Arduino. Es mucho mas simple.