(¡Espero entender tu pregunta correctamente, como una pregunta abierta? ¡Muchas disculpas de antemano si he entendido mal y digo cosas que son obvias!)
Un protocolo es una forma estandarizada de “hablar” entre sistemas, una forma de transferencia de datos, además de decir “Tengo algunos datos para usted”; “aqui tienes”; “¿Entendiste eso?” [Algunos protocolos no hacen esa última parte]. Muchos agregan capas alrededor de la identidad (“¿quién eres? ¿Estás seguro de que eres quien dices que eres?”), Seguridad (“mantener esto confidencial”), no repudio (“Tengo pruebas de que fuiste tú quien envió esto”) y la integridad de los datos (algo así como “Acabo de hacer la suma de verificación en esto, ¿cuál es su suma de verificación? OK, coinciden”).
El más común que se entiende fácilmente es posiblemente HTTP, con sus PUT y GET (que básicamente hacen lo que cabría esperar de las propias palabras); los protocolos de nivel inferior como TCP, UDP e IP también son cosas con las que te encontrarás, obviamente. [Como comentario aparte, el nivel “inferior” se refiere a cosas en una posición inferior en el modelo de capa OSI 7.]
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Donde los protocolos pueden ser más “interesantes” es en el mundo de los sistemas integrados y el control industrial, donde los fabricantes a veces simplemente crean los suyos. Si se encuentra trabajando en ese tipo de entorno, es fundamental asegurarse de que su fabricante / vendedor documente las cosas hasta el más mínimo detalle, y (esto si es por experiencia) se adhiere a su documentación, en lugar de “mejorar” las cosas de una manera se olvidaron de mencionar 🙂