Esa es realmente una muy buena pregunta.
Bueno, si te refieres a Tor, aunque sus sitios .onion no son nombres DNS reales, los navegadores pueden acceder a los sitios .onion enviando la solicitud a través de los servidores de la red Tor.
También hay proxies como Tor2Web, que permiten el acceso a los servicios de cebolla sin usar el navegador Tor (aunque muchos no lo recomiendan, ya que el uso de una puerta de enlace abandona el factor de anonimato).
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Ahora, hay otras redes oscuras además de Tor, y sus páginas web se recuperan de manera diferente. Freenet, por ejemplo, usa una interfaz web llamada FProxy, así como Fred (Freenet REference Daemon), que se ejecuta en segundo plano. FProxy le permite comunicarse con la red Freenet a través de un navegador.
Entonces, para resumir, cada uno funciona un poco diferente, pero en términos de Tor, esos son los conceptos básicos de cómo funciona.
