Establezca el interruptor en solo lectura.
Si necesita escribir en él, haga una copia de seguridad del contenido antes de enchufarlo a la computadora no confiable: un virus como cryptolocker podría bloquear todo.
Un virus no puede dañar el pendrive en sí. Pero si no confía en el contenido, debe escanear la unidad antes de usarla. Debe deshabilitar cualquier función de ejecución automática en su sistema operativo que pueda ejecutar automáticamente un script de inicio en medios intercambiables. Creo que ahora es el valor predeterminado para Windows, pero durante mucho tiempo no lo fue. También puede deshabilitar cualquier función de indexación automática y miniaturas automáticas: hubo un ataque de prueba de principio contra Linux a través de miniaturas.
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Si copió solo unos pocos archivos de la computadora no confiable, los subiría a virustotal.com para probarlos antes de abrirlos, es más probable que detecte virus de día cero que cualquiera de los productos antivirus de escritorio.