La principal diferencia entre FreedomBox y la mayoría de las otras soluciones de nube personal es su énfasis en que el software sea “gratuito” (como en Freedom). Esto significa que las licencias de las aplicaciones seleccionadas para FreedomBox pasan por mucho escrutinio. Esto significa que no todo el software de código abierto puede entrar en FreedomBox, el software también debe ser “gratuito”. Por lo general, se consideran las licencias que son GPL o mejores.
FreedomBox ejecuta el sistema operativo Debian. Se basa en gran medida en el sistema de gestión de paquetes de Debian, por lo que el sistema mismo se ocupará de las actualizaciones. Esto significa que no podemos escribir scripts de instalación ad-hoc para instalar software arbitrario. Tiene que instalarse a través del sistema de gestión de paquetes `apt` que facilita las actualizaciones. (Por cierto, FreedomBox realiza actualizaciones automáticas por la noche, que actualiza todas las aplicaciones instaladas, incluida su propia interfaz de administración).
La protección de la privacidad es el objetivo principal de FreedomBox, no la conveniencia. Esto puede significar que se deba elegir una aplicación menos fácil de usar, ya que tiene mejores características de seguridad y privacidad.
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Se prefieren las aplicaciones descentralizadas a las centralizadas, especialmente las aplicaciones de igual a igual o que tienen características de federación. Algunas de las próximas aplicaciones en FreedomBox como diáspora *, gnu-social, matrix-synapse, etc. son redes federadas. Por ejemplo, los usuarios de FreedomBox pueden formar una red social global utilizando una red de FreedomBoxes, cada una de las cuales ejecuta la diáspora *, que se federan entre sí y brindan al usuario la misma experiencia que la del uso de una red social centralizada como Facebook, al tiempo que preserva la privacidad de usuarios individuales