Hay muchas posibilidades que podrían causar esto. Mi primer pensamiento sería cambiar a RAM virtual en la unidad, ya que está utilizando más RAM de la que tiene, aunque por los comentarios parece que este no es el caso. Si es así, cualquiera de los siguientes podría estar causando esto.
El problema habitual es que algunos procesos en segundo plano acaparan el sistema, el más notable de ellos es algo así como una exploración AV, pero muchos otros podrían hacer algo similar a intervalos periódicos.
Alternativamente, un problema del controlador (especialmente cosas para dispositivos IO), o incluso alguna parte del sistema operativo (por ejemplo, el programador de procesos) podría ser el culpable.
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El programa en sí puede escribirse de modo que haga cálculos o lea / escriba en algún dispositivo IO (unidad, red, puerto serie / paralelo / usb / etc.) en el mismo hilo que utiliza para actualizar su pantalla GUI / procesar eventos GUI. Entonces, mientras está haciendo otra cosa, es posible que no pueda reaccionar a los clics de su mouse (u otras interacciones). Incluso podría escribirse mal utilizando un bucle forzado para verificar si los datos han llegado en lugar de depender de alguna forma de interrupción, es decir, ejecutar la CPU de manera plana solo para probar si se han recibido datos.
La configuración en algo como el Registro de Windows puede estar apuntando a archivos no existentes. Esto sucede a menudo debido a que las desinstalaciones no se limpian correctamente. Intentar encontrar un archivo que no existe podría llevar bastante tiempo ya que se buscan todas las rutas (enumeradas en la variable PATH).
Incluso algo como el sistema de archivos en la unidad puede haberse dañado y está utilizando su prevención de errores para leer desde un lugar diferente cuando se da cuenta de que la paridad / hash no coincide con los datos.
Arriba estarían las posibilidades desde el punto de vista del software, abajo está desde el hardware.
No mencionas tu configuración de hardware. Esto es algo que tendería a ver en una sola máquina central (es decir, cuando el sistema operativo o cualquier proceso en segundo plano se está ejecutando, nada más puede ejecutarse durante esos pocos segundos o fracciones de segundos).
Además, el HW puede estar sobrecalentado. Quizás los ventiladores / disipadores de calor están simplemente sucios. La mayoría de las cosas como las CPU tienen una función de seguridad que las ralentiza (o incluso las detiene) si superan una temperatura específica.
También podría haber una falla con algún componente. Por ejemplo, su RAM puede estar defectuosa y las correcciones de error intentan volver a intentarlo hasta que funcione. O una unidad / controlador podría tener problemas.
Incluso algo como una conexión floja podría causar problemas periódicos, ya que una ligera vibración podría hacer que la conexión se caiga y luego se vuelva a conectar más tarde.
La fuente de alimentación podría estar dando muy poca energía a todos los componentes. Es decir, mientras su CPU se está agotando (o gráficos), la unidad no tiene suficiente energía para leer / escribir.
Probablemente hay muchas más posibilidades, pero arriba es lo principal en lo que puedo pensar en este momento. Desafortunadamente, la única forma de saberlo con certeza es ejecutar algún software de análisis para eliminarlos hasta que encuentre un problema.