Perl es una reliquia de los días en los que solo los siervos usaban Unix: es muy poderoso, pero fácil de usar y desafía mucho de lo que se supone que debe ser un lenguaje de programación. Se presta a muchos abusos, porque hay muchas maneras de hacer lo mismo y la ofuscación se considera un logro (lo cual es excelente para los piratas informáticos, pero no para el mundo real)
PHP es un terrible truco de un lenguaje sin preocupación por nada, excepto para hacer el trabajo. Facebook gasta millones de dólares tratando de acelerarlo. Ningún programador serio llamará a PHP adecuado o elegante.
Python es un lenguaje limpio, consistente y potente que se puede utilizar para todo, desde aplicaciones web hasta aplicaciones GUI de escritorio a gran escala. Es compatible con diferentes paradigmas de programación y el autor es un hombre brillante.
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La elección es obvia: si quieres aprender cosas buenas, aprende Python